Contudo, o fato de seu rei ter cessado o culto a Eru Ilúvatar, e se rebelar contra os Valar acarretou a Queda da ilha, junto com a maior parte de seus habitantes.
A Ilha foi erguida do mar pelo Vala Ulmo como um presente para os Edain, os Pais dos Homens, que lutaram junto dos Elfos contra Morgoth na Guerra das Jóias, a Guerra da Ira.
No início da Segunda Era a maior parte dos Edain que sobrevivera à Guerra foi para a ilha em barcos construídos pelos elfos.
Assim que foi estabelecido, o Reino de Númenor passou a ser governado pelo rei Elros, o Meio-elfo, filho do marinheiro Eärendil e irmão de Elrond. Sob seu governo e de seus descendentes, os númenorianos tornaram-se um povo poderoso.
Os Valar, no entanto, proibiram os númenorianos de navegar muito para Oeste, Númenor não poderia desaparecer no horizonte. Os Valar assim proibiram por medo de que eles pisassem nas Terras Imortais, cuja presença não era permitida a humanos. Por muito tempo Númenor manteve relações amistosas com os Elfos, tanto de Tol Eressëa quanto da Terra-média, inclusive auxiliando Gil-galad na Guerra dos Elfos e Sauron, que ocorreu depois da criação dos Anéis do Poder, especialmente o Um Anel. O rei Tar-Minastir e suas hostes conseguiram, junto com os elfos, derrotar Sauron temporariamente.
Por essa época eles começaram a invejar a imortalidade dos Elfos e se ressentir da Interdição dos Valar, rebelando-se contra sua autoridade e procurando pela imortalidade. Tentaram compensar esse desejo mudando-se para o leste e colonizando vastas partes da Terra-média, de início amistosamente, mas depois como tiranos. Logo os númenorianos passaram a controlar um império sem rival na costa. Poucos, os chamados Fiéis, permaneceram leais aos Valar e mantendo boas relações com os Elfos.
O vigésimo quinto rei, Ar-Pharazôn, navegou até a Terra-média, e, vendo o poder de Númenor, as hostes de Sauron fugiram, mas ele se rendeu sem resistência. Foi levado a Númenor como prisioneiro, mas logo tornou-se conselheiro do rei, apresentando-se em uma forma bela que posteriormente ele não conseguiria mais assumir. Prometeu imortalidade aos númenorianos desde que estes fizessem cultos de adoração a Melkor, o Primeiro Senhor do Escuro, mestre de Sauron. Ar-Pharazôn, ludibriado por Sauron, ergueu um templo de adoração a Melkor, no qual oferecia sacrifícios humanos (os sacrificados eram os Fiéis aos Valar).
Durante esta época, a Árvore Branca, Nimloth, que erguia-se nos pátios do rei, e cujo destino dizia-se estar ligado ao dos reis, foi cortada e queimada por orientações de Sauron, mas Isildur heroicamente arrancou-lhe um fruto, que daria origem à Árvore Branca de Gondor.
Temendo a morte, e também sob os conselhos de Sauron, Ar-Pharazôn construiu uma grande armada, e partiu em direção a Oeste para abrir guerra contra os Valar e tomar as Terras Imortais, alcançando a imortalidade. Sauron ficou em Númenor, rindo da tolice dos humanos. Mas, como consta em O Silmarillion, não é a Terra que faz de seus habitantes imortais, mas o contrário. Ar-Pharazôn assim pôs os pés nas praias das Terras Imortais, mas os Valar eram proibidos de tomar uma providência direta contra os Humanos, e consta que Manwë, rei dos Valar, pediu a intervenção de Eru Ilúvatar, o Deus Supremo. Foi assim que Eru intercedeu, removendo para sempre as Terras Imortais dos Círculos do Mundo. Númenor foi arrebatada por um cataclismo, afundando no mar, matando seus habitantes, fossem qual fossem, e o corpo de Sauron foi destruído, mas seu espírito sobreviveu, e ele a partir de então só pode assumir formas terríveis. Com o efeito da Queda de Númenor, chamada de Akallabêth, a Queda, o Mundo, que antes era plano, se arredondou, tornando-se um Globo. As Terras Imortais agora só eram acessíveis a Elfos que, em barcos especiais, seguiam pela Rota Plana, o único caminho que restara para lá.
