Nascido nas profundezas do Inferno, Hellboy é um enorme ser de aspecto diabólico, filho de um demônio com uma feiticeira. Foi descoberto pelo Professor Trevor Bruttenholm e soldados Aliados nas ruínas de uma capela nas Ilhas Britânicas em 23 de dezembro de 1944, após ter sido invocado do Inferno por uma ação conjunta de Rasputin, o monge louco e da Alemanha Nazista, que havia criado o projeto Ragnarok, com o intuito de trazer o apocalipse à terra. Hellboy, todavia, mostrar-se-ia de boa índole. Bruttenholm criou o pequeno demônio, ensinando-lhe a importância de ser humano, e treinou-o para combater as forças das trevas. Hellboy inclusive ganhou "status honorário de humano" das Nações Unidas em 1952.
Ao atingir a maioridade, Hellboy passou a integrar a B.P.R.D. ao lado de figuras como Abe Sapien, Liz Sherman. Suas aventuras combatendo o mal levam-no a viajar por todo o mundo enquanto enfrenta ameaças tão diversas como vampiros, lobisomens, fantasmas, monstros, antigos deuses da noite, ladrões de túmulos, golens, e finalmente, os mais importantes dos seus inimigos: um grupo de Nazistas e o espírito imortal de Rasputin, que assombra Hellboy com revelações sobre o seu verdadeiro propósito e o seu destino de destruir o mundo que tanto ama.